Padomju komunistu režīms 1940. gadā slēdza Latvijas Universitātes Teoloģijas fakultāti, bet, kad 1941. gada jūnijā sākās karš starp nacistisko Vāciju un Padomju Savienību, bija lielas cerības, ka Teoloģijas fakultāte atkal sāks darboties. Tomēr situācija nebija vienkārša. Neraugoties uz to, ka dažas Universitātes fakultātes 1941. gada otrajā pusē saņēma no okupācijas valdības atļauju ierobežotai darbībai, Teoloģijas fakultātes liktenis karājās mata galā.
Pēc vilšanās, ko šī situācija sagādāja luterāņu Baznīcai un teologiem, un pēc vairākkārtīgām pūlēm fakultāte galu galā varēja atsākt darbību. Pilnvērtīga darbība atsākās 1943. gada pavasarī, tas deva iespēju pabeigt zinātnisko grādu iegūšanu. 1943. gada decembra sākumā Ostlandes okupācijas valdība definēja fakultātes stausu — tā kļuva par Teoloģijas augstskolu Rīgas Universitātē. Beidzot Teoloģijas fakultāte varēja uzņemt studentus. Praksē tas nozīmēja iepriekšējās fakultātes atjaunošanu, tomēr tās jaunais apraksts liecināja par Vācijas okupācijas valdības attieksmi pret teoloģiju kā zinātni. Arī agrāk pastāvošā Romas Katoļu teoloģijas fakultāte darbību atsāka kā speciāla Latvijas Universitātes koledža.
Par Teoloģijas fakultātes dekānu 1943. gada vasarā ievēlēja Eduardu Zicānu. No fakultātes iepriekšējiem mācībspēkiem darbu turpināja ekseģēts Kārlis Kundziņš (Jr), praktiskās teoloģijas profesors arhibīskaps Teodors Grīnbergs, kā arī Fēlikss Treijs (Treus), Arnolds Zviņģis, Haralds Biezais un Leons Čuibe. Lektors Edgars Ķiploks nomainīja Ludvigu Adamoviču un kļuva par galveno baznīcas vēstures pasniedzēju. Jāuzsver, ka kopš profesora Adamoviča deportācijas 1941. gadā Ķiploks bija vislabāk zināmais jaunais akadēmiskais baznīcas vēstures zinātnieks. Viņš arī strādāja par bibliotekāru Teoloģiskajā koledžā. Ģertrūde Alksne bija subasistente.
Jaunie pasniedzēji, kuriem bija jāaizvieto mirušos vai jau 1941. gadā uz Sibīriju deportētos mācībspēkus, varēja sākt akadēmisko darbību starp 1943. un 1944. gadu. Jaunie fakultātes darbinieki bija Jaunās Derības ekseģētikas pasniedzējs Jānis Rozentāls, docenti Edgars Bergs un Arturs Siļķe, kuri specializējās praktiskajā teoloģijā, un asistents Pēteris Martens. Profesors Alberts Freijs Vācijas okupācijas laikā bija vadošais sistemātiskās teoloģijas speciālists. 1943. gada beigās Edmundu Šmitu nozīmēja par Sistemātiskās teoloģijas docentu (Privatdozent).
Kopumā laikā no 1943. līdz 1944. gadam Teoloģijas koledžu beidza 39 vīrieši un sievietes. Trīs studenti 1943. gadā beidza Teoloģijas koledžas Pareizticīgo teoloģijas katedru. 1943.–1944. gadā Aleksandrs Veinbergs un Fricis Ruperts ieguva teoloģijas licenciāta grādu. Kārlis Bilzens un Edmunds Šmits 1943. gada pavasarī aizstāvēja disertācijas sistemātiskajā teoloģijā. Teoloģiskās koledžas mācībspēki daudz rakstīja žurnālos par baznīcas un teoloģijas tēmām. Vairāki no viņiem kara ēnā strādāja zinātnisko darbu. Tomēr Rīgas Universitātes Teoloģijas koledžas stāsts bija īss. Sarkanā Armija okupēja Rīgu 1944. gada 13. oktobrī. Jaunajā Latvijas Padomju Sociālistiskajā Republikā Latvijas Universitātes Teoloģijas fakultātei vieta neatradās.
