Dr. arch. Jānis Zilgalvis kopš 1995. gada vada Arhitektūras daļu Valsts kultūras pieminekļu aizsardzības inspekcijā. Latvijas Mākslas akadēmijas Mākslas vēstures institūta vadošais pētnieks (1989–2009). Rīgas Tehniskās universitātes Arhitektūras un pilsētplānošanas fakultātes docents (2001–2014). Kopš 2012. gada — Latvijas Zinātņu akadēmijas īstenais loceklis. Zinātniskās intereses un praktiskā darbība saistīta ar Latvijas lauku un mazpilsētu arhitektūras mantojuma, kā arī kultūrvēsturiskās vides izpēti, kultūras mantojuma aizsardzību un popularizēšanu.